Chaque membre du personnel de la Faculté est rattaché à un département, qui comprend :

• un président ;
• un secrétariat exécutif ;
• plusieurs secteurs, chapeautés par un ou plusieurs membres du personnel académique ;
• tous les membres du personnel scientifique définitif et temporaire, et les membres du personnel administratif, technique et ouvrier (PATO), sous la responsabilité administrative du président.

Le règlement du Conseil d’administration prévoit que le département se dote d'une assemblée générale, d'un conseil et d'un bureau.

Le Conseil de département est composé des membres du corps académique du département (60 %) et de représentants des différentes catégories de personnel scientifique, élus par leurs pairs (40 %).

Il élit en son sein un Bureau, constitué du président et du vice-président, membres du corps académique à temps plein, ainsi que d'un secrétaire, membre du personnel scientifique à temps plein.

Les mandats du président et des membres élus sont de deux ans, renouvelables.